Pasi u vendos në Green Hills, Sonic është i etur të provojë se e ka atë që duhet për të qenë një hero i vërtetë. Prova e tij vjen kur Dr Robotnik kthehet, këtë herë me një partner të ri, Knuckles, në kërkim të një smeraldi që ka fuqinë të shkatërrojë qytetërimet. Sonic bashkohet me ndihmësin e tij, Tails, dhe së bashku ata nisin një udhëtim globit për të gjetur smeraldin përpara se të bjerë në duart e gabuara.