Neo dhe liderët e rebelëve vlerësojnë se ata kanë 72 orë deri sa 250.000 hetimet ta zbulojnë Sionin dhe ta shkatërrojnë atë dhe banorët e tij. Gjatë kësaj, Neo duhet të vendosë se si ai mund të shpëtojë Trinitetin nga një fat i errët në ëndrrat e tij.